Historie Československé mikroskopické společnosti (ČSMS) sahá až k Biologické společnosti (současná ČSBS), která byla založena v Brně v roce 1922. V 50. letech byla přidružena k nově vzniklé Československé akademii věd. V 60. a 70. letech minulého století začaly v rámci ČSBS vznikat odborné sekce. Jednou z nich byla Sekce pro elektronovou mikroskopii, která se později stala přímou předchůdkyní ČSMS. V roce 1990 se v Seattlu (USA) konala celosvětová mikroskopická konference, kde byl zformován přípravný výbor ve složení Vladimír Kolařík, Armin Delong, Luděk Frank a Jiří Ludvík. První tři členové byli konstruktéři mikroskopů z Brna, zatímco Jiří Ludvík byl biolog z Prahy, který mimo jiné organizoval v Mikrobiologickém ústavu ČS AV metodické semináře o přípravě biologických vzorků pro elektronovou mikroskopii. Cílem výboru bylo založení samostatné Československé společnosti zaměřené na elektronovou mikroskopii. Za tímto účelem byly sepsány první stanovy a dne 30. ledna 1991 vznikla Československá společnost pro elektronovou mikroskopii (CSEM). Během 90. let prošla CSEM významnými změnami. Postupně začala zahrnovat i další mikroskopické metody, zejména světelnou mikroskopii. V důsledku těchto změn se organizace v roce 2002 přejmenovala na Československou mikroskopickou společnost (ČSMS), pod jejímž názvem funguje dodnes. Dnes ČSMS sdružuje vědecké, pedagogické a technické pracovníky, kteří se zabývají jakýmkoliv typem mikroskopie. Cílem tohoto sdružení je zvyšovat úroveň mikroskopických oborů, rozvíjet je, přispívat k lepší komunikaci mezi jednotlivými obory a vzdělávat nastupující vědeckou generaci.
Struktura společnosti:
Sídlem společnosti je Brno; v čele stojí předseda zvolený z devítičlenného Výboru. Členové Výboru se volí každé 4 roky, následně Výbor volí ze svého středu předsedu, místopředsedu, vědeckého tajemníka a hospodáře. Aktuálně má ČSMS jednu odbornou skupinu, kterou je skupina Mladých mikroskopiků ČSMS (yCSMS), která sdružuje studenty a začínající vědecké pracovníky působící v oblasti mikroskopie.